植物病理與微生物學系所成立之宗旨在於探討植物病理學及微生物學，培育新一代具備植物病理學與微生物學專業之人才。本系教學團隊目前擁有10位專任教師以及5位兼任教師，期許畢業自本系的學生能於學術教育界、公務機關、農企業及生技產業發揮所學服務社會，並於自然生態環境維護及生物資源永續利用上盡一份心力。
傳統到現代的蛻變
本系前身為植物病理學系，原隸屬於植物病蟲害學系植物病理組，是為本校成立最早的教研單位之一。
1928年臺大前身創校之初，設置松本巍教授之「植物病理學講座」，1947年本校成立「農業生物學系暨研究所」，後於1949年將「農業生物學系暨研究所」改名為「植物病蟲害學系暨研究所」，顯見植物病理學領域為農業不可或缺的重要領域。由於病原微生物與害蟲的性質迥異，故自1951年「植物病蟲害學系暨研究所」即分設「植物病理」與「昆蟲」兩組；而於1998年為因應兩領域的發展需求，分別正式成立「植物病理學系」與「昆蟲學系」。
2003年，衡諸本系傳統植物病理及病原微生物的領域，以及「微生物」在自然界所扮演之多元角色及在各領域之永續利用，為彰顯並擴展本系在微生物領域教學與研究的重要性，植物病理學系進一步更名為「植物病理與微生物學系」（簡稱植微系），以突顯本系「植物病理」與「微生物」兩大領域教學與研究的內涵。
系徽設計理念
延伸而上的植物將葉片無邊無際地展開，植微系最重要的四大病原：病毒，細菌，真菌還有線蟲，從葉片中萌生而出，代表植物與微生物的密不可分。第五片幼葉上頭，又會有些什麼樣的故事呢？就等著新的學子在這兒，臺大植物病理與微生物學系，寫下新的樂章。
教育目標及學生未來出路
本系主要旨在教導學生認識各種植物病原，包括真菌、細菌、線蟲、病毒、植物菌質，以及了解非傳染性病害的重要性，使其熟悉植物病害的診斷技術與防治方法，同時探討植物與病原之間的互動，並致力於培育具有微生物學與植物病理學知識的專才。本系結合傳統與分子生物技術，推動符合當代潮流的學術研究，並發揮農業知識經濟策略的潛力。我們努力加強植物防疫和保護專業的培養，同時致力於開發微生物資源的寶藏及其應用價值。期許能夠培育優秀人才，將所學知識貢獻於社會服務。
學生所修習之基礎及核心課程，使得訓練由基本生物學概念延伸到分子生物層次的瞭解。嚴格的微生物學實驗課程及分生技術實習增進學生對研究設計、操作的熟悉與正確認知。因此，於進階課程中，本系設計諸多應用性課程以便學生應證之前所學基礎核心課程之理論，及發展植物病理與微生物專業領域。儘管如此，學生可自由選修其他科系所開設的課程、學程以及申請輔系，以建立更多元的知識領域。科系學生繼續深造者已遍佈各類生物相關領域，包括植物病理學、微生物學、植物科學、生物科技、分子生物學、生物化學、食品科技、生物醫學、微生物及免疫學等研究所。
此外，畢業後的發展極其寬廣，於國內中研院、各大學、農業部動植物防疫檢疫署、農業試驗所、林業試驗所、農業藥物試驗所、各地區農業試驗改良場、種苗改良繁殖場、食品工業發展研究所、生物技術開發中心、衛福部食品藥物管理署、疾病管制署、種苗公司、植物保護公司、生物技術公司等擔任關鍵職務，就業範圍廣及農業科技、生物醫藥等相關機構。