本系現有空間為一號館二樓東側和三樓以及學新館八樓。除了一般教室、實驗教室、討論室、會議室、閱覽室、溫室、標本及儀器室外，設有分子植物病理學研究室、真菌生理及分子生物學研究室、植物病毒研究室、細胞生物學研究室、病害管理暨分子遺傳研究室、應用微生物學研究室、應用真菌研究室、植物病理與數據分析研究室、植物與病毒交互作用研究室等、分子植物與微生物交互作用研究室，設備完善、研究風氣鼎盛。
儀器設備有定溫設備、無菌操作設備、生長箱、走入式生長箱、無菌小鼠獨立飼養系統、高級顯微鏡、位相差/暗視野螢光顯微鏡、掃描式/穿透式電子顯微鏡、顯微照相系統、切片機、核酸與蛋白質分析設備、酵素測定儀、螢光光譜儀、聚合酵素連鎖反應器、電穿孔儀、高速/超高速離心機、濃縮乾燥裝置、高效液相層析儀等；此外，另設「分子檢測實驗室」，以支援本系之教學與研究。目前收藏於總圖書館之植物病理學與微生物學相關書籍：參考圖書逾2,000 冊，期刊逾400 種。
