植微系「系學會」是屬於植微人的大家庭。在新生開學前舉辦的迎新宿營，學期中的交誼活動、生涯規劃座談、湯圓晚會，以及耶誕節晚會等，都是本系的年度活動。此外，系主任時間、聯合導生會等，亦成為學生與老師間的橋樑。本系學生也在各類的運動上表現良好，成立了各項球隊如：籃球隊、排球隊、羽毛球隊、足球隊等；並在每年三月參加全國大專院校之生命科學相關科系所舉辦的「大生盃」競賽，以及與其他的校外球隊進行交流。
本會定名為「國立臺灣大學植物病理與微生物學系學生會」，成立於民國87年，以培養優良學風、促進學生交流、聯絡師生感情為宗旨。本會於日常的工作內容為：
（一）舉行各式學術或非學術性活動，以增進學生交流，培養良好之情感。
（二）管理部分公共空間，讓學生以及師長、職員能有良好的休憩、研讀之場所。
（三）匯集同學意見並代表學生參與系務會議，作為系所與大學生溝通之橋樑。
本系體育系隊與昆蟲系學生合組為「植昆聯隊」，分別成立了男排球隊、女排球隊、男籃球隊、女藍球隊、羽毛球隊、桌球隊、壘球隊及足球隊等。
除了參加校內「新生盃」、「台大盃」等各種球類比賽之外，並於每年三月參加全國大專院校之生命科學相關科系所舉辦的「大生盃」競賽，以及與其他的校外球隊進行交流活動。
臺大微生物營是由國立臺灣大學植物病理與微生物學系為升小四到升國一的中小學生所舉辦，為期三天的暑假營隊，每年暑假會舉辦數個梯次。系上學生將以生動、淺顯易懂的方式為小朋友上課，內容包含細菌、真菌、病毒和線蟲四大領域，並配合上課內容設計相關的有趣實驗及遊戲活動。希望能讓喜愛大自然的小朋友走進微生物世界，並經由自己的手去驗證微生物的奧妙。本活動已成為本系「植微人」的年度大事，除了讓這些幸運的中小學生一窺顯微鏡底下美麗又新奇的世界外，也讓植微系的學生有教學相長的機會。
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杜鵑花節為本校一年一度的大活動，始於1997年，於每年3月校內杜鵑花盛開之際舉辦，內容包括學系博覽會、社團聯展、學術標本館開放參觀，以及表演等活動。本系由系學生會主辦，於學系博覽會上精心布置展場攤位、發放文宣品或舉辦宣導相關活動，以宣傳本系教學研究特色。